项目来源

俄罗斯基础研究基金(RFBR)

项目主持人

Лимборская С.А.

项目受资助机构

未公开

立项年度

2013

立项时间

未公开

项目编号

13-04-00588

项目级别

国家级

研究期限

未知 / 未知

受资助金额

未知

学科

未公开

学科代码

未公开

基金类别

(«а» (до 2016))(«а») инициативные научные проекты

关键词

未公开

参与者

未公开

参与机构

未公开

项目标书摘要：Аннотация к заявке: После завершения работы по расшифровке генома человека на одно из первых мест по значимости выдвинулась проблема изучения геномного разнообразия различных популяций и этнических групп. Исследования в этом направлении имеют большую фундаментальную и практическую значимость, они позволяют выявить новые аспекты структурно-функциональной организации генома и особенности его эволюционного развития, и кроме того определить вклад полиморфных участков генома в развитие заболеваний и реакции на внешнесредовые воздействия, включая лекарственные средства. Основной задачей проекта является анализ геномного разнообразия в генофонде популяций человека, проживающих на территории нашей страны. В качестве основного подхода исследований будет использована современная технология ДНК-микрочипов, позволяющая одновременно тестировать в геноме одного человека сотни тысяч полиморфных участков. Кроме того, предполагается непосредственное выборочное секвенирование ряда геномов. В результате станет возможным оценить основные геномные параметры генофонда и на этой основе определить родство, генетические расстояния и другие характеристики изучаемых популяций. При этом будет обращено внимание на полиморфные участки генов, значимых для болезней с наследственной предрасположенностью, а также участвующие в ответной реакции на воздействия факторов внешней среды. Выполнение полной программы исследований позволит получить новые приоритетные данные о геномном разнообразии, о генетических параметрах, зависящих от экологических воздействий, и их особенностей в конкретных условиях проживания. Кроме фундаментального значения данное исследование имеет перспективу практического использования с точки зрения охраны здоровья человека с учетом влияния как генетических, так и экологических факторов.Аннотация к отчету по результатам реализации проекта: С использованием технологии ДНК-микрочипов фирмы Иллюмина проведено полногеномное исследование полиморфизма сотен тысяч однонуклеотидных замен в популяциях русского населения Европейской части России и Архангельской области (Мезень), а также в популяции вепсов, в двух группах коми (ижемские и прилузские коми) и в популяциях ханты и манси. Результаты обработки полученных данных, включающие, в том числе, их сравнение с данными ряда других европейских и азиатских популяций продемонстрировали гетерогенность исследованных групп и удаленность объединенного генофонда ханты и манси от всех других изученных популяций. Значительные особенности были отмечены для популяций коми, особенно ижемских, которые сильно отличались не только от русских и вепсов, но и от других популяций Европы, фактически составляя отдельную ветвь на генетической карте Европы. Оценка вклада гипотетических предковых сообществ в генофонд анализируемых популяций, проведенная с помощью программы ADMIXTURE, показала, что своеобразие генофонда коми, а также ханты и манси не обусловлено наличием монголоидного компонента, а связано с особенностями микроэволюционных процессов данных популяций. С помощью технологии секвенирования следующего поколения (NGS, Illumina Inc.) проведен анализ образцов ДНК представителей нескольких восточно-европейских популяций. Секвенирование осуществлено с 33-кратным покрытием. Сравнение последовательностей отсеквенированных образцов выявило новые отличия геномов популяций северных популяций (коми, вепсы, карелы, северные русские Архангельска от популяций центральных районов (русские, белорусы), обусловленное присутствием в них паттернов вариации, характерных для популяций Сибири. Помимо этого, были определены геномные маркеры, определяющие клинические реакции онкологических больных на лечение препаратами платины и зависящие от этнической принадлежности. Данные полногеномного анализа генофонда популяций России были использованы в исследовании генетических основ шизофрении в рамках международного консорциума. В результате удалось обнаружить 83 новых геномных маркера, ассоциированных с данным заболеванием. Проведен поиск новых мощных математических подходов, позволяющих обрабатывать данные полногеномного сканирования. Данные методы вносят существенный вклад в крайне актуальный сейчас биоинформатический анализ геномных данных, полученных для выборок населения значительного размера. Результаты опубликованы в PLoS ONE 2013; 8(3):e58552 и European Journal of Human Genetics 2013; 21(6):659-65, Nature, 2014. 511(7510) 421-427, Pharmacogenomics 2014;15(3):329-37, Am J Hum Genet. 2014;95(5):535-52, Am J Hum Genet. 2015;97(4):576-92, Nat Genet. 2015;47(3):291-5, Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, 2014, №2, с 8-11; Вестник Московского государственного университета. Серия XXIII Антропология 2014, №4, 101-106. Библиография Приведена в авторской редакции.