项目来源

韩国国家研究基金(NRF)

项目主持人

임도환

项目受资助机构

숭실대학교

立项年度

2021

立项时间

未公开

项目编号

2021R1F1A1059864

项目级别

国家级

研究期限

未知 / 未知

受资助金额

48184000.00韩元

学科

생명과학

学科代码

未公开

基金类别

이공분야기초연구사업-기본연구-기본연구

关键词

3D 유전체구조 ; 전사허브 ; 리보핵산-크로마틴 상호작용 ; 단일세포 ; 조절 리보핵산 ; 3D genome structure ; Transcription hub ; RNA-Chromatin interaction ; Single cell ; Regulatory RNA

参与者

未公开

参与机构

未公开

项目标书摘要：연구목표:-최종목표
        핵 내에서 광범위한“RNA-Chromatin 상호작용을 포착할 수 있는 새로운 시퀀싱 기술들을 개발(단일 세포 수준 포함)”함과 동시에 이를 이용한“3D 유전체 구조(3D genome structure)및 전사허브(transcription hub)에 관여하는 RNA들을 발굴하고 그 조절 기능을 규명”함.
        -연차별 목표
        1차년:3D 유전체 구조/전사 허브지도 구축 및 전사 허브에서 기능하는 RNA들의 발굴
        2차년:3D 유전체 구조/전사 허브에서의 RNA의 조절 기능 규명
        3차년:단일세포 수준에서 RNA-Chromatin 상호작용 포착하는 snGRID-seq 개발 및 전사허브지도 구축
        연구내용:*1차년
        -“Open chromatin enriched GRID-seq(ocGRID-seq)“새로운 시퀀싱 기술 개발
        -GRID-seq(global RNA interactions with DNA)과 ocGRID-seq library 제작 및 시퀀싱
        -GRID-seq 분석을 통한 유전자의 전사 수준 조사 및 promoter-enhancer(P-E)네크워크 구축
        -ocGRID-seq 분석을 통한 open chromatin 부위와 상호작용하는 cis/trans-acting RNA 조사
        *2차년
        -심화 연구를 위한 3D 유전체 구조/전사 허브 연관 RNA 선별/선정
        -선별 RNA 발현 조절 후 GRID-seq 분석을 통한 3D 유전체 구조/전사 허브의 변화 조사
        -선별 RNA 발현 조절 후 DNA-DNA interaction 수준 및 histone modification에서의 변화 조사
        -선별 RNA 발현 조절 후 전사 허브에서의 전사 인자 및 P-E 상호작용 관련 인자 조사
        -선별 RNA 발현 조절 후 연관 유전자의 발현 변화 조사 및 그에 따른 외부 표현형 조사
        *3차년
        -“Single-nucleus GRID-seq(snGRID-seq)”새로운 시퀀싱 기술 개발
        -snGRID-seq 분석을 통한 단일세포 수준에서의 유전자의 nascent RNA 수준조사/세포 그룹화
        -단일세포/세포 타입에 따른 전사허브 지도 및 ncRNA의 chromatin 상호작용 네트워크 구축

Application Abstract: 기대효과:#NAME?