苹果蠹蛾属于鳞翅目卷蛾科，在我国是一种重要的入侵性害虫，被我国农业农村部列为重点防控对象。目前有研究表明，苹果蠹蛾抗性种群有可能已经入侵我国，给我国苹果蠹蛾的防治问题带来了极大的困扰。目前，苹果蠹蛾的遗传基础、种群扩张和暴发机制，以及入侵种生态适应性进化等核心问题尚缺乏系统研究。采用基因组学的研究手段，解析苹果蠹蛾入侵性相关的遗传基础、入侵相关基因和信号通路的调控机制、阐明外来种入侵的分子机理成为可能。在本研究中，我们完成了苹果蠹蛾的二代Illumina测序和三代PacBio测序，获得了高质量的组装序列，基因组大小为682.5 Mb。基因组注释发现，苹果蠹蛾中重复序列含量高达42.87%,采用自动注释流程和手工注释一共预测得到17,184个蛋白质编码基因。通过比较基因组学方法，系统分析了苹果蠹蛾基因家族入侵性相关的基因家族。进化分析发现，苹果蠹蛾嗅觉受体基因OR3发生了双拷贝。进一步的功能分析发现,OR3基因双拷贝有助于宿主定位寄主植物和寻找配偶。通过敏感品系和农药抗性品系进行基因组重测序分析，挖掘了大量同化学农药抗性相关的单核苷酸多态性位点，并对某些化学农药抗性相关的靶标基因上的SNP位点进行PCR验证。上述研究为苹果蠹蛾入侵性机制的解析奠定了重要的基础，并为生物入侵研究提供了崭新的研究视角。