DNA-PKcs通过SCF泛素连接酶调控EXO1蛋白稳定性及其DNA同源重组修复中的末端剪切功能机制研究

项目来源

国家自然科学基金(NSFC)

项目主持人

周平坤

项目受资助机构

中国人民解放军军事科学院军事医学研究院

项目编号

31870847

立项年度

2018

立项时间

未公开

项目级别

国家级

研究期限

未知 / 未知

受资助金额

59.00万元

学科

生命科学-生物物理与生物化学-细胞感应与环境生物物理

学科代码

C-C05-C0503

基金类别

面上项目

关键词

电离辐射损伤 ; 损伤修复 ; 信号转导 ; 信号分子 ; 电离辐射修复

参与者

谢达菲;杨陟华;王豫;高山山;郭宗培;李雪萍;刘政;王铎

参与机构

未公开

项目标书摘要:DNA双链断裂(DSB)是放射诱发的严重损伤,真核生物有同源重组(HR)和非同源末端连接(NHEJ)两条主要修复通路。DSB经末端剪切形成一段单链DNA,是启动HR修复的关键,也是修复通路选择的调控点。前期发现,DNA-PKcs失活将导致执行DSB末端剪切的核酸酶EXO1的表达和稳定性显著改变。本课题将深入开展DNA-PKcs调控EXO1泛素化降解的上游信号通路和下游修复功能的研究:明确DNA-PKcs对放射损伤及细胞周期(G1 vs G2)EXO1表达和修饰(泛素化、磷酸化等)的影响规律;探讨SCF E3泛素连接酶对EXO1泛素化的调控机制,重点是DNA-PKcs直接或通过与RBX1的相互作用,对SCF催化核心Cullin-1蛋白的类泛素化修饰及作用于EXO1的活性调控机制;通过观测DSB末端剪切,明确DNA-PKcs通过上述作用对EXO1功能的调控机制,加深对放射生物学机制理论认识。

Application Abstract: DNA double-strand break(DSB)is a severe damage induced by ionizing radiation.There are two major pathways of DSB repairing in eukaryotic cells:homologous recombination(HR)and non-homologous end joining(NHEJ).The yield 3’ssDNA of DSB through the end resection is a key reaction for initiating HR pathway,also a key regulation point for the DSB repair pathway choice.In our previous study,we found the inaction of DNA-PKcs led to a significant decrease of expression and protein stability of the exonuclease EXO1,the critical molecule of executing DSB end resection of HR pathway.Here,this project will further study the upstream signaling pathway and downstream repair function of EXO1 ubiquitination regulated by DNA-PKcs,including:The effects of DNA-PKcs on the alterations of EXO1 ubiquitination and phosphorylation,and the stability after irradiation and in different cell cycle phases;the regulation mechanism of EXO1 ubiquitination by SCF E3 ubiquitin ligase,especially focus on by the direct action and through interaction with RBX1,DNA-PKcs regulates the neddylation of Cullin-1,a component of SCF E3 ubiquitination ligase catalytic core,and its ubiquitin ligase activity on EXO1.Through the observation of DSB end resection reaction,to further elucidate the regulation mechanism of DNA-PKcs on EXO1 repair function.This project will provide further mechanism theory to advance our knowledge on radiation biology.

项目受资助省

北京市

项目结题报告(全文)

DNA双链断裂(DSB)是电离辐射(IR)诱导的最为严重的DNA损伤形式之一,深入研究其精确修复机制,对发展新型放射损伤防护药物、维持基因组的稳定性具有重要意义。DSB的修复通路,主要包括同源重组(HR)修复和非同源末端链接(NHEJ)修复,其中HR修复通路需要同源DNA作为修复模板,仅发生在S/G2期,而G1期细胞只能选择NHEJ修复通路,因此,两者在不同细胞周期的选择和转换对DSB精确修复非常重要。在G1期细胞中,由于缺乏基因组范围内同源DNA(姐妹染色单体DNA尚未合成),因此无法试行和完成HR修复,G1期细胞是如何限制HR修复,确保G1期NHEJ修复顺利进行的机制尚不完全清楚。在DNA双链断裂(DSBs)同源重组修复通路起始阶段,需要进行DSB末端单链切割形成HR修复所必须的末端单链DNA(ssDNA),本研究围绕此过程的关键执行者EXO1的功能调节,以及DNA-PKcs在其中的调控作用展开研究,取得了具有重要理论意义和实践价值的科学发现,主要包括:(1)发现EXO1蛋白在G1期细胞中发生泛素化修饰,由此介导其降解,而在G2期细胞中EXO1蛋白表达较高,以便其执行功能;(2)揭示了RBX1蛋白促进SCF E3泛素连接酶关键组分Cullin 1的类泛素化修饰,促使其介导EXO1蛋白降解;(3)揭示RBX1蛋白促进G1期细胞EXO1泛素化降解对电离辐射损伤具有保护作用;(4)揭示DNA-PKcs激酶在G1细胞的自磷酸化和激酶活性显著高于G2期细胞,由此导致G1期细胞RBX1的高表达。上述科学发现,阐述了一种促进细胞DNA双链断裂修复通路的精确选择的新机制——DNA-PKcs在G1细胞中上调RBX1表达、介导EXO1蛋白泛素化降解,从而限制G1期细胞对DSBs的末端DNA单链切割,避免选择无法完成的HR修复通路,以便于执行非同源末端连接修复通路。本研究的科学发现为深入阐述放射致DNA双链断裂的修复机制提供了科学证据,为发展更有效的放射损伤防护技术奠定理论和实验基础。

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  • 1.p53/lncRNA RMRP/miR-122回路激活Notch通路促进游离二氧化硅所致EMT的实验研究

    • 周瑶;何丽;宁华诚;胡赛;刘晓丹;关华;黄瑞雪;周平坤
    • 《2019年海峡两岸暨港澳青年科学家毒理学学术交流会》
    • 中国山西太原
    • 会议

    目的:矽尘暴露引起肺部EMT(上皮间质转化)变化继而导致发生肺纤维化已有研究报道,其机制有待阐明。有研究报道证实多个lncRNA通过竞争性内源性机制与miRNA调控下游EMT相关基因表达,另有研究发现p53在EMT过程中发生重要作用。我们推测p53在矽尘所致EMT中的作用可能与lncRNA和miRNA的功能密切相关。本研究的目的是探讨矽尘诱导EMT过程中,p53/lncRNA/miRNA发挥的作用及其机制。材料与方法:本研究从细胞、动物、人群三个层面展开研究,采用二种细胞株:HBE细胞株和BEAS2b细胞株;使用Lipofectamine 2000试剂盒进行转染,CCK-8试剂盒分析细胞增殖情况,免疫印迹分析相关蛋白表达,FITC Annexin V凋亡检测试剂盒检测细胞凋亡情况,CRISPR-cas技术、siRNA干扰分别敲除或敲低HBE细胞株基因p53的表达,RNA免疫共沉淀(RIP)方法分析RNA和蛋白结合情况,HE染色病理切片观察EMT变化,免疫组化观察EMT相关基因表达定位和半定量情况,双荧光素报告酶基因检测p53对lncRNA的调控情况,qRT-PCR方法分析RNA相对表达情况。免疫印迹分析相关蛋白表达。结果:(1)HBE细胞,BEAS2b细胞在矽尘暴露后,p53、lncRNA RMRP表达随着暴露时间的延长而升高,而miRNA122表达随着暴露时间的延长而降低。(2)沉默p53表达后,lncRNA RMRP表达下降,miRNA122表达升高;沉默lncRNA RMRP表达后,p53表达降低,miRNA122表达升高;细胞加入miRNA122 mimic后,p53、lncRNA RMRP表达下降;(3)分别敲除p53和lncRNA RMRP,EMT相关生物标志物如上皮细胞标志物E-cadherine表达随矽尘暴露时间的延长而不断升高,而间质标志物N-cadherin、Vimentin等随着矽尘暴露时间的延长不断表达降低,敲除miRNA122,E-cadherine表达随着矽尘暴露时间的延长而不断降低,而间质标志物N-cadherin、Vimentin等随着矽尘暴露时间的延长不断表达增加;(4)动物层面上,lncRNA RMRP过表达载体导入小鼠后,肺组织p53表达随矽尘暴露时间延长而不断表达升高,miRNA122表达与之相反,进一步将miRNA122mimic导入小鼠体内,肺组织p53表达随矽尘暴露时间延长而不断表达降低,同时EMT相关标志物的变化情况与细胞实验趋势一致;(5)双荧光酶报告基因分析发现p53与lncRNARMRP上游潜在p53结合位点结合,启动lncRNA RMRP的表达;miRNA 122直接与p53的3‘-UTR区域结合,降低p53的表达。RIP进一步证实p53能与lncRNA RMRP结合;(6)lncRNA RMRP通过激活Notch通路发挥促进EMT作用。结论:lncRNA RMRP在矽尘暴露后升高,促进EMT的进程。P53调控lncRNA RMRP的表达,使其表达升高,升高后的lncRNA RMRP能竞争性与miR122结合,降低MiR122的表达,使得miR122对下游靶基因p53解除抑制作用,p53表达升高,p53/lncRNA RMRP/miR122之间形成反馈回路,随着矽尘暴露时间延长,lncRNA RMRP对EMT的作用不断放大。p53/lncRNA RMRP/miR122回路在EMT进程中起到促进作用。

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